El clima de San José del Cabo es tropical desértico, con un invierno agradablemente cálido de diciembre a marzo, y un verano caluroso de mayo a octubre, en el que hay un período relativamente lluvioso de julio a septiembre.
La ciudad está ubicada cerca del extremo sur de la península de California, al noreste de Cabo San Lucas.
En invierno, cuando llega aire fresco de los Estados Unidos, puede haber días un poco frescos y ventosos, y la temperatura nocturna puede bajar a 8/10 °C, pero incluso en estos casos, durante el día generalmente permanece por encima de 20 °C. En los días más calurosos del año, que pueden ocurrir de mayo a octubre, la temperatura generalmente alcanza los 38/39 °C. Durante el verano, la humedad aumenta gradualmente, y el mes más bochornoso es septiembre.
De junio a noviembre, pero con una mayor probabilidad de agosto a octubre, la península de baja California puede verse afectada por los huracanes del Pacífico, como sucedió con el huracán Odile en septiembre de 2014. Sin embargo, los huracanes son raros en junio, el mes en que son más frecuentes es septiembre, y históricamente nunca han ocurrido en noviembre.
La temperatura media del mes más frío (enero) es de 18,9 °C, la del mes más cálido (agosto) es de 28,9 °C. Aquí están las temperaturas medias.

Las precipitaciones ascienden a 290 mm por año: son por lo tanto escasas. En los meses menos lluviosos (marzo, abril, mayo, junio) caen 0 mm de lluvia, en el más lluvioso (septiembre) caen 115 mm. Aquí están las precipitaciones promedio.

En promedio, hay aproximadamente 2.845 horas de sol al año. Aquí está el promedio de horas de sol al día.

La temperatura del mar fluctúa entre 21 °C y 29 °C. El mar es agradablemente cálido de julio a noviembre, mientras que de enero a abril es un poco fresco, pero en general es aceptable, para nadar. Aquí está la temperatura media del mar.

Cuándo ir

San José del Cabo se puede visitar de mediados de noviembre a marzo, ya que es la temporada menos calurosa. Durante el día puede disfrutar del sol, mientras que por la noche necesitará un suéter y una chaqueta ligera.
Para unas vacaciones en la playa, se puede preferir el mes de mayo (cuando el mar todavía está un poco fresco) y la primera quincena de noviembre (cuando el mar está más cálido).